3D共聚焦顯微鏡的工作原理。

　　共聚焦系統的光源為離子激光器或HeNe激光器，光源發出的激光束通過照明針孔后成為點光源P。點光源P通過分東器及如高數值孔徑顯微物鏡的成像系統成像后，在部分透明的被測樣品內形成像點P。從像點P發出的散射光及反射光(波長為λ1)和其他熒光(波長λf>λ1),反方向經過物鏡和分光鏡后，入射到單點探測器。單點探測器由探測器和放置在探測器前的針孔組成，3D共聚焦顯微鏡它可以減少探測器的有效面積。探測器一般使用的是光電倍增管或雪崩光電二極管，探測器接收到的電信號*后由計算機進行處理。

　　①如果激光束聚焦點的直徑小于針孔的直徑,則P處的針孔可以去掉。

　　②有些材料能自發熒光,有些材料則需要用合適的染料上色。